依据我国相关法律的规定，仲裁庭处理人事争议案件，一般应当在受理案件之日起九十日内结案。需要延期的，要经人事争议仲裁委员会批准。

《人事争议处理规定》

第二十八条仲裁裁决应当按照多数仲裁员的意见作出，少数仲裁员的不同意见应当记入笔录。

仲裁庭对重大、疑难以及仲裁庭不能形成多数处理意见案件的处理，应当提交人事争议仲裁委员会讨论决定;人事争议仲裁委员会作出的决定，仲裁庭必须执行。

仲裁庭应当在裁决作出后五个工作日内制作裁决书。裁决书由仲裁庭成员署名并加盖人事争议仲裁委员会印章。

第二十九条仲裁庭处理人事争议案件，一般应当在受理案件之日起九十日内结案。需要延期的，经人事争议仲裁委员会批准，可以适当延期，但是延长的期限不得超过三十日。

怎么合法处理员工违纪问题

当员工违纪的时候，一般可以有以下几种处理方式：

1、行政处分：警告、记过、记大过、降级、撤职、留用察看、开除。需要注意的是，这些处罚应该事先在公司内部依法制定并公示，让员工知悉的处分方式，而不是临时出台的、偷偷出台的，否则不但处分结果无效，给员工造成损失的，还要承担赔偿责任。这样，对公司而言，就得不偿失了。

2、辞退(解除劳动合同)：即时辞退(因严重违纪而立即辞退)、预告辞退。对员工而言，“炒鱿鱼”是最严厉的处罚方式，但通常情况下，公司是不能开除员工的，只有在员工严重违反公司规章制度，甚至违法犯罪的情况下，才能开除员工。否则，即便开除了，员工要是想继续回来上班的话，还是可以通过向劳动监察大队投诉、申请劳动仲裁等方式强行要求回来工作，直至劳动合同期满。

3、除名：是只适用于劳动者无故连续旷工15天或一年内累计旷工30天而作的行政处理。

4、承担经济责任：扣工资不超过20%。员工因工作失误给公司造成损失的，一般均有公司承担损失，只要在员工存在重大过失或故意的情况下，员工才需要赔偿损失，但即便如此，公司也只能每次扣不超过20%的工资，逐步弥补损失，否则属违法行为，可能导致员工提起劳动诉讼追偿，反而增大成本。