用人单位私自扣除违纪员工的加班工资是不合理的。

我国《劳动法》规定，无特别情况，用人单位应当足额及时地发放劳动者的工资，不得随意扣除劳动者的工资，以不合理的原因扣除劳动者工资的，劳动者可以采取合法途径来索要被不合理扣除的工资。

加班费是劳动者在规定的工作时间之外继续从事本职工作，用人单位应当支付给劳动者的合理报酬，劳动者在规定的时间内付出了自己的劳动，用人单位不应当以违纪为由扣除劳动者的加班费。

因劳动者的过错给用人单位造成严重经济损失的，用人单位可以要求劳动者承担经济赔偿责任。

劳动者承担经济赔偿责任的方式可以直接从工资中扣除该部分，但是扣除的经济赔偿不能超过劳动者月工资的20%。

一般情况下，用人单位可以在劳动者工资中扣除的部分：

1、个人所得税。

用人单位在发放劳动者的工资时，可以先代扣劳动者工资中的个人所得税，由用人单位统一为劳动者进行个人所得税的代扣比较便利。

2、社会保险费用。

这个一般是指日常工作中需要缴纳的五险一金费用，按照我国法律的相关规定，用人单位应当为劳动者缴纳社保，这是法律规定的用人单位的强制性义务。而社保在缴纳时分为不同的缴纳方式，有些需要由用人单位和个人共同缴纳，有些只需要用人单位缴纳就可以了，我们这里用人单位可以为员工代扣的当然是个人应当缴纳的社会保险费用部分。

3、法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费。

经法院判决后，对应当支付抚养费、赡养费的员工，用人单位应当协助法院判决的执行，直接从员工的工资中扣除应当缴纳的抚养费、赡养费部分。

4、其他可以代扣的费用。

这是一种概括性条款，也就是说除上述详细介绍的三种可以由用人单位代扣的情形之外还可以有其他的代扣的情形。