一般来说，员工违纪将直接影响公司的利益，如果给公司造成直接经济损失，那么员工不免要承担损失赔偿。那么，对于给公司造成的经济损失，是否可以扣除员工工资做处罚，首先得看劳动合同中的约定。

员工发生违纪情况，如果跟公司签订的劳动合同中明确有处罚约定，那么公司可以根据违纪情况扣除员工工资。

但是，公司扣除员工工资做处罚时，不能随意克扣员工的工资，否则的话属于损害员工利益。

具体而言，公司要求员工赔偿经济损失时，可以从员工本人的工资中扣除，不过，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。

如果员工被扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，比如最低某地最低工资标准是2000，员工被扣除工资后剩余工资不足2000的，那么就要按照最低工资标准2000支付。

另外，有些员工跟公司签订劳动合同时，并未明确约定有经济损失赔偿金，那么可以查找公司公示的规章制度。如果只有在规章制度中明确损失赔偿，并且规章制度是通过合法程序制定，并且内容也符合法律法规规定的，那么同样具有法律效力。

当然，员工违纪但并未给公司造成直接经济损失，或者给造成的损失不大，但公司要求损失赔偿，或者索取的赔偿金较多，已经严重损害到员工利益的，那么员工可以在必要的时候积极申请劳动仲裁。