如果雇员怀孕，雇主非法扣留雇员的工资，雇员可以向雇主所在地的劳动监察部门投诉，或者向用人单位所在地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。

中华人民共和国劳动合同法第三十条规定，用人单位应当按照劳动合同的规定和国家的规定，及时足额支付劳动者劳动报酬。用人单位拖欠或者不足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请裁定支付，第五十条劳动合同终止时，用人单位应当出具劳动合同终止证明，并在15日内为职工办理档案和社会保险关系转移手续

职工应按双方约定办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿金的，应当在交接时支付。第八十五条有下列情形之一的，由劳动行政部门责令用人单位限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿金；劳动报酬低于当地最低工资标准的，补发差额；如果员工逾期不付款，用人单位未按照劳动合同的规定或者国家规定按时足额支付劳动者劳动报酬的，责令按照应支付金额的50%以上100%以下的标准向劳动者追加赔偿低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；（三）安排加班而不支付加班费的；（四）依照本法规定解除或者终止劳动合同而不向劳动者支付经济补偿金的。

第七十七条侵犯劳动者合法权益的，有权要求有关部门依法处理，或者依法申请仲裁、提起诉讼，用人单位不得随意扣减工资。用人单位违法扣减劳动者工资的，劳动者可以到用人单位所在地劳动监察部门投诉，也可以向用人单位所在地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。还有其他相关问题想知道，欢迎咨询法律BA网免费法律咨询