不合法，侵犯了劳动者劳动报酬权。员工工作一天可获得一天的工资，缺勤一天，公司可不支付当天工资。但公司规定扣3天工资，多扣的两天工资显然是其他正常工作日的工资，这就涉嫌克扣工资了。

一、旷工三天扣9天工资是否合法

旷工三天扣9天工资是不合法的。

旷工是指员工请假没有获得批准或没有履行请假手续而未到岗上班的行为。员工旷工的，用人单位可以不支付其没有提供劳动期间工资，但不能作额外的惩罚性罚款。

员工工作一天可获得一天的工资，缺勤一天，用人单位可以不支付当天工资。但规定旷工三天扣9天工资是不合法的，这就涉嫌克扣工资了。

二、旷工一天扣三天工资合法吗

旷工，职工在正常工作日不请假或请假未批准的缺勤行为。旷工一天扣三天工资不合法。旷工当天，用人单位可以不支付工资，除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣工资的。第一次旷工，通过口头或书面警告，让本人认识错误并责令反省;第二次旷工，通报批评给予员工警示，由主管领导进行谈话，记大过处分;第三次旷工，开除或劝退。一般情况下，有如下情况的视为旷工：第一，没有按照用人单位规定提供劳动;第二，没有正当理由旷工;第三，没有经过用人单位同意。

三、旷工三天能算工资吗？

劳动法没有旷工一天扣多少工资的规定，按现行做法，旷工当天，用人单位可以不支付工资，除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣工资的。劳动者如果被扣工资了，可以向劳动监察部门投诉要求加付赔偿金或劳动仲裁要求支付工资并赔偿损失和支付经济补偿金。