1、发生的前提不同。票据抗辩切断的发生以票据债务人与出票人或持票人的前手之间存在抗辩事由为前提，如果票据债务人与出票人或持票人的前手之间不存在抗辩事由，则根本就没有适用票据抗辩切断制度的必要。而善意取得制度的适用须以持票人的前手背书人无转让票据的权利或该项权利存在瑕疵为前提，如果持票人的前手背书人具有转让票据的权利，或者该项权利原本就完好无缺，持票人依背书取得票据即合法取得完全的票据权利，目无适用善意取得制度的余地。

2、构成要件不同。票据抗辩切断的构成，只需持票人取得票据时不知票据债务人与其前手背书人之间存在抗辩事由即可，至于其是否有过失，则在所不问。而对于票据的善意取得，其构成要件之一就是取得人对前手无转让票据之权须无重大过失。

3、牺牲的对象不同。票据抗辩切断是使票据债务人不得以其与出票人或持票人的前手之间的抗辩事由对抗持票人，因此，票据抗辩切断所牺牲的是票据债务人，它使其原可以拒绝履行的票据债务仍须履行，不得拒绝。而票据权利的善意取得属权利的归属问题，在持票人的前手非真正权利人的场合，善意取得的适用保护了善意受让的持票人，牺牲的是真正的权利人，使之丧失了其原有权利。

4、系争的焦点不同。在票据抗辩切断中，系争的焦点是票据债务人对出票人或持票人的前手背书人是否可以拒绝履行票据债务，如果能够拒绝履行，则构成票据抗辩切断;如果不能拒绝履行，则不属于票据抗辩。在票据的善意取得中，系争的焦点是原持票人与现在持票人的直接前手，谁是真正的权利人。如果真正的权利人是现在持票人的直接前手，则不符合善意取得的条件，不构成善意取得;如果真正的权利人是原持票人，则可国现在持票人的善意取得而使其丧失票据权利。