保密协议和竞业限制协议都是企业采取保密措施，防范企业商业秘密泄露的手段，两者内容有所重叠，但其法律内涵和适用却有着本质的区别。

1.义务的基础不同

保密义务是法定义务，一般是基于法律的直接规定或劳动合同的附随义务，不管用人单位与劳动者是否签订保密协议，劳动者均有义务保守企业的商业秘密。而竞业限制是约定义务，是基于用人单位与劳动者的约定产生的，没有约定的，劳动者无须承担竞业限制义务。

2.义务的侧重内容不同

保密义务要求保密者不得泄露商业秘密，侧重的不能“说”，竞业限制义务要求劳动者不能到竞争单位任职或自营竞争业务，侧重的是不能“做”。

3.义务的期限不同

保密义务一般期限较长，只要商业秘密存在，劳动者的保密义务就存在，而竞业限制期限较短，最长不得超过2年。

4.违约责任不同

用人单位不能在保密协议中直接为劳动者约定违约金，劳动者违反保密义务，给用人单位造成损失的，用人单位只能根据实际损害要求其承担赔偿责任。而用人单位可以约定违反竞业限制义务的违约金，劳动者违反竞业限制义务的，用人单位可以直接要求其按约定支付违约金。

5、针对的对象不同。

保密协议是指协议双方之间就一方了解另一方的信息，约定不得向任何第三方披露的协议。竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。