一、工资超过5000分两次发违法吗

工资超过5000分两次发不违法。这种情况可能是为了避税，并没有哪条法律规定，公司不可以分两次发工资。如果单位跟你签署的协议是工资分两次在固定时间发放的情况下属于有效的，如果单位发放工资的时间与签订合同时间不同的情况下就属于违法行为。工资支付主要包括，工资支付项目、工资支付水平、工资支付形式、工资支付对象、工资支付时间以及特殊情况下的工资支付。

《工资支付暂行规定》

第六条

用人单位应将工资支付给劳动者本人。劳动者本人因故不能领取工资时，可由其亲属或委托他人代领。用人单位可委托银行代发工资。用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。

二、工资分两次发是因为什么

工资分两笔打入的原因可能是由于公司合理避税，减少交纳税款。工资应当缴纳个人所得税。综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率。经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率。

个人所得税是调整征税机关与自然人（居民、非居民人）之间在个人所得税的征纳与管理过程中所发生的社会关系的法律规范的总称。

个人所得税的纳税义务人，既包括居民纳税义务人，也包括非居民纳税义务人。居民纳税义务人负有完全纳税的义务，必须就其来源于中国境内、境外的全部所得缴纳个人所得税；而非居民纳税义务人仅就其来源于中国境内的所得，缴纳个人所得税。

个人所得税是国家对本国公民、居住在本国境内的个人的所得和境外个人来源于本国的所得征收的一种所得税。在有些国家，个人所得税是主体税种，在财政收入中占较大比重，对经济亦有较大影响。

2018年6月19日，个人所得税法修正案草案提请十三届全国人大常委会第三次会议审议，这是个税法自1980年出台以来第七次大修。 全国人大常委会关于修改个人所得税法的决定草案2018年8月27日提请十三届全国人大常委会第五次会议审议。依据决定草案，基本减除费用标准拟确定为每年6万元，即每月5000元，3%到45%的新税率级距不变。