用人单位遇到员工主动申请离职，但同时又不做工作交接的情况，可以采取以下几种措施应对：

1、可以与其约定支付经济补偿金需要在完成工作交接之时支付；

2、在单位的规章制度中就员工离职、辞职时办理工作交接作出规定；

3、在单位规章制度中规定，若不办理工作交接，给单位造成了损失的，要承担相应的赔偿责任。

员工离职不交接被起诉

劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。劳动者违反本法规定解除劳动合同对公司造成损害的应承担赔偿责任。

《中华人民共和国劳动法》第三十一条劳动者解除劳动合同，应当提前三十日以书面形式通知用人单位。