劳动者在劳动关系存续期间存在旷工行为的，在解除劳动合同时，用人单位可以根据劳动者旷工对本单位造成的损失要求其承担赔偿责任，经济补偿金可以从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。离职工资在扣除赔偿金后应当一次付清。

一、员工违纪的处理是怎么样的

1、行政处分：警告、记过、记大过、降级、撤职、留用察看、开除；

2、辞退（解除劳动合同）：即时辞退（因严重违纪而辞退）、预告辞退；

3、除名：是只适用于劳动者无故连续旷工15天或一年内累计旷工30天而作的行政处理；

4、承担经济责任：扣工资不超过20％。

《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％．若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

二、重大损失处罚员工标准

因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。

《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

对于公司扣除员工所有工资的情况，公司不能扣除超过员工工资的20％，如果员工确实给公司造成了损失，单位可以申请劳动仲裁。