首先，遇到员工擅自离职的，用人单位应当以书面形式送达通知书，限定员工在指定是时间内回公司上班，并提出如限期内不上班的处理措施。其次，当员工擅自离职达到可以辞退的标准时侯，用人单位应当将解除劳动关系的事宜公开，并以书面形式送达离职通知书给员工，通知其前来办理交接工作以及离职手续。至于通知书的送达，用人单位应采取挂号信或EMS形式，将通知书送达至员工信息登记的住址、身份证地址，或者经济联系人地址，并保存好回执。送达日期，以签收日期为标准。

一、离职员工不按正常流程走怎么办？

员工离职不按正常流程，用人单位可以通知劳动者办理手续。如果可能的话将解除劳动合同证明寄给劳动者的家里即可，如果不知道劳动者的联系方式，用人单位可以采取公示的形式与劳动者解除劳动关系，降低用人单位的用人风险。在试用期内，员工提前3天书面形式提出离职就可以，若过了试用期，员工提前30天以书面形式就行了。公司应在员工离职后三个工作日内结清工资，员工可以要求公司在三个工作日内结清你的全部工资。

二、对自动离职的行为怎样处理

员工自动离职后，单位可以先向其事先确认的送达地址邮寄送达一份《催告函》，催告其返回公司正常上班，告知其如有特殊情况，需履行请假手续并提交相应的证据，并告知逾期不返的后果。

《催告函》发出超过指定期限员工仍未返回的，再依据公司规章制度的规定（缺勤达到一定天数解除劳动合同）做出解除劳动合同的决定，有建立工会的企业，解除前记得通知工会。