有关迟到扣工资的具体法律依据已被废止，但是，并不是说员工迟到，用人单位扣工资就是不合法的，是否合法要看具体情况。

(1)首先，法律既要维护劳动者的合法权益，又要考虑保障企业和雇主进行正常、有效的劳动管理和企业管理，维护企业和雇主的合法权益。法律对维护职工合法权益和提高企业管理效益二者都要兼顾；

(2)其次，劳动者肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。

如果用人单位有关员工迟到扣工资的规定符合这三个条件的情况下制定是不违法的。

1、一是要经职工讨论。

2、二是公示或者告知职工。

3、三是不得违反法律法规的规定。

以下5点公司不得扣员工工资：

1、员工没有按时完成工作任务

(1)很多公司会与员工签订这样的协议或者写入公司规定:如果员工没有按时完成工作任务，比如说好的卖出多少东西没做到，就按一定的比例扣除员工的工资。

(2)这种协议是不具有法律效应的，《劳动法》规定：只要员工提供了正常的劳务，并且在劳动中无懒散等不良行为，公司就不能对员工罚款，应该全额发放工资。

2、员工因不可抗因素迟到早退

员工无故迟到早退旷工公司当然是可以根据规章罚款，但法规规定：员工因不可抗因素(例如地震、水患、火灾等)而出现上述行为时，公司不能克扣员工工资。

3、员工辞职未提前一个月通知

如果员工的“通知离职日期”没有比“拟离职日期”提前一个月，公司应该根据实际情况处理，但无论如何不能以此为由克扣员工工资。

4、女员工孕期频繁请产检假

(1)很多公司都规定了产假的期限，一般都比较充足。但一些不成熟的小公司没有相关规定，当女员工孕期要频繁请假去检查时，有的老板就开始犯嘀咕了，想以员工请假次数太多来扣工资，这也是不合法的。

(2)《女职工劳动保护特别规定》规定：孕期请假检查不但不能扣工资，公司还应该将这些时间计入该女员工的劳动时间，算正常出勤，不能按病假、事假、旷工等来处理。

5、员工被“强行”捐赠

有的公司会和一些公益组织合作，或者经常自己搞一些公益活动，捐款捐物。也会号召员工捐款，并直接从工资扣除，这更是不合法的。《公益事业捐赠法》规定：员工有权自行决定是否捐款以及捐款的数额，并且应自行处理捐出的财物，公司不能直接从员工工资里扣除。

如果用人单位以迟到、请病假等为理由扣除员工的工资的，员工可以进行投诉，或者是向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，请求单位支付足额的工资，如果单位拒不支付的，可以向人民法院提起诉讼，请求人民法院裁决，并申请强制执行，从而拿回自己应得的劳动报酬。