自动离职用人单位不应当支付经济补偿金。只有员工因用人单位原因被迫离职的、用人单位提出动议协商离职的、非过失性离职的、经济性裁员的、劳动合同因期限届满而终止的、劳动合同因用人单位主体资格丧失而终止的，应支付经济补偿金。

一、解除劳动合同和自动离职的区别

解除劳动合同、辞职与自动离职的区别：

1、运用主体不同。解除劳动合同的运用主体可以是用人单位，也可以是劳动者。而辞职、自动离职的运用主体只是劳动者。

2、适用原因的性质不同。解除劳动合同适用的原因是双重性质的，既有惩罚性的，又有非惩罚性的。而辞职不具有惩罚性，自动离职往往是一种违法行为。

二、被迫离职书怎么写才合法

被迫离职书怎么写都不合法。因为被迫离职本身就不属于合法的离职原因。原因不合法就不能满足法律行为的生效条件。根据相关法律规定，用人单位违反规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当支付赔偿金。

三、什么情况下适用经济补偿金

适用于经济补偿金的额情形有：

按发生原因划分，以下七种情况用人单位需要向劳动者支付经济补偿金：

1、单位单方面解约须支付的经济补偿金；

2、员工被迫解约须支付的经济补偿金；

3、用人单位提出并与劳动者协商一致终止劳动合同须支付劳动合同；

4、额外补偿经济补偿金：用人单位解除劳动合同后，未按规定给予劳动者经济补偿的，除全额发给经济补偿金外还须按该经济补偿金数额的百分之五十支付额外经济补偿金；

5、竞业限制经济补偿金：对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿的情形；

6、克扣拖欠劳动报酬经济补偿金：用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，以及拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的，除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。