工资超过5000分两次发不违法。这种情况可能是为了避税，并没有哪条法律规定，公司不可以分两次发工资。如果单位跟你签署的协议是工资分两次在固定时间发放的情况下属于有效的，如果单位发放工资的时间与签订合同时间不同的情况下就属于违法行为。工资支付主要包括，工资支付项目、工资支付水平、工资支付形式、工资支付对象、工资支付时间以及特殊情况下的工资支付。

基本工资不发算是违法吗

是违法的。如果用人单位没有按时发放和提供工资明细，劳动者可以向所在地的劳动保障监察大队举报。劳动部门开通了多条渠道帮助劳动者维权。被侵害的劳动者可以到劳动争议仲裁委员会提出申诉或到劳动监察部门进行投诉，以维护自身的合法权益。

《工资支付暂行规定》第六条用人单位应将工资支付给劳动者本人。劳动者本人因故不能领取工资时，可由其亲属或委托他人代领。用人单位可委托银行代发工资。用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。