事业单位职工请病假是会被扣工资的，而且这部分的工资都是算作是绩效部分进行抵扣的，因为职工在享受基本的病假的期间没能给单位工作而让单位损失了部分的经济收益，此时扣除掉一点的工资也是为了弥补单位，而继续发工资也是法定基本的待遇。

事业单位长期病假是怎么规定的

事业单位长期病假的规定：单位职工的医疗期有三个月的，按六个月内累计病休时间计算；六个月的按十二个月内累计病休时间计算；九个月的按十五个月内累计病休时间计算等。职工请病假时，需要出具正规医疗机构出具的诊断书、健康证明书等文件。

《中华人民共和国劳动法》第七十三条劳动者在下列情形下，依法享受社会保险待遇：（一）退休；（二）患病、负伤；（三）因工伤残或者患职业病；（四）失业；（五）生育。劳动者死亡后，其遗属依法享受遗属津贴。劳动者享受社会保险待遇的条件和标准由法律、法规规定。劳动者享受的社会保险金必须按时足额支付。