第一，要保留员工关系转移原因的证据，以证明企业的行为确因客观情况，而非主观恶意，以便在发生法律诉讼时，不至于太过被动。

第二，要与员工进行充分的协商。关于协商，需要注意三点。

首先，在确定转移员工的名单后，企业可以根据自身情况采取召开全体会议，也可以召开部门内会议，由部门负责人对涉及到的人员进行小范围开会。无论哪种会议方式，企业在此期间均应注意保留证据。比如，在召开会议时，要求所有涉及员工签到。在会议中，企业应坦诚地告知劳动者企业的客观情况，如业务转移、部门取消等等，并且将这些宣讲内容写入会议纪要。同时，对于工龄等敏感问题不要回避，最好在会议上向员工明示，到新单位后工龄累计计算，如果不同意转移的，则按照法律规定根据劳动者在本企业的工龄支付经济补偿金，避免不同工龄的员工在比较经济补偿金时产生心理不平衡的现象。案例中的余某实际就是这种情况，因其在该企业工作差一点不满一年，所以只能拿到一个月工资的经济补偿金，和其他同事相比难免心有不满，从而向企业提出更苛刻的解除条件。在开会完毕，会议记录上应要求全体与会人员签字，以证明员工知晓该情况，并且与员工进行了协商。

其次，为了使员工劳动关系顺利转移，除了本企业内部的宣传外，接收企业友好的态度和优良的福利待遇也会成为促成员工关系转移的另一个关键因素。

再次，对于个别不配合的员工，企业除了大会上的宣讲外，再提供单独沟通的机会，并且保留与其协商的证据。

除了上述保留员工关系转移原因的证据和与员工进行充分协商外，还要及时办理劳动关系解除手续。员工关系转移不要无限期地协商，以免扩大企业的损失，产生更多的变数。