是违法的。相关法律规定，除了职工给用人单位造成经济损失外，是不能扣款的。需要用人单位证明迟到对单位造成损失。因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。用人单位与劳动者签订劳动合同时，不得与相关法律规定作出冲突的约定，损害劳动者合法权益。

迟到扣工资的规定怎样才是合法的

对迟到工资的具体扣发，法律没有明确规定，可由用人单位依法制定的规章制度规定。所谓用人单位依法制定的规章制度，是指制度经过全体职工讨论、制定过程有工会和职工代表参与，且经过公示，内容合法。无正当理由迟到，因为迟到导致用人单位经济损失的，劳动者还应当赔偿损失。

《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。