被合并的公司年假仍然有效，不会清零。根据相关法律规定，用人单位变更名称、经营范围、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项，不影响劳动合同的履行。

一、公司名称变更影响劳动合同吗

公司名称变更是不影响劳动合同的。根据国家相关法律规定：用人单位变更名称、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项，不影响劳动合同的履行。用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。

二、公司变更名称后需不需要重签劳动合同

公司变更名字不需要重签劳动合同。

用人单位变更名称、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项，不影响劳动合同的履行。

用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。

三、法人变更后原来签订的合同还有效吗

公司法定代表人的变更。不会影响公司在劳动合同中的所享有的权利和需要承担的义务。原来法定代表人与劳动者签订的合同，在公司法定代表人变更之后，依然有效。除了变更法定代表人不会影响劳动合同的履行外，用人单位变更名称、主要负责人，又或者是投资人，也不会影响劳动合同的履行。