员工绩效是不能扣基本工资的，绩效工资是通过考核员工进行分配的工资，一般包括指标完成、质量考核、安全考核等各方面，应该是奖金部分，不应该与基本工资挂钩。

1、劳动合同中关于绩效工资的约定。

《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。

用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。

绩效能不能扣除，首要的关键在于劳动合同中是否约定绩效工资。如果公司在与劳动者签订劳动合同时约定了具体的绩效工资标准，那么公司通过绩效考核来扣除绩效工资是合理合法的，如果合同中没有约定，那怎么扣都是违法的。

2、工资中扣除绩效工资后，是否低于当地最低工资标准。

公司如果在劳动合同中约定了绩效工资，那么我们需要审视工资中抛开绩效工资的部分，是否高于当地最低工资标准，如果低于明显是不合理的，这种情况可以直接到当地劳动局进行申诉，无论如何最低工资标准必须是最低的底线。

3、公司有没有公示的员工签字确认的绩效管理制度。

员工对公司的绩效管理制度享有知情权，如果员工不知道公司的绩效考核扣除工资制度，公司也是不能予以执行的。公司的绩效管理制度有没有在内部进行公开，是不是执行透明，员工有没有签字确认，知悉并认可，这都是能否扣除绩效工资的关键，如果没有经过公示的制度被执行，那一定是不合规的。

4、扣除绩效工资双方有无协商一致签字确认。

绩效考核一个完整的闭环是，绩效目标制定、执行、考核和面谈，在这一整套执行中如果公司要扣除绩效工资的话，有没有提前告知绩效未达标的原因，以及需要有哪些绩效改进计划，对于绩效工资的扣除双方有无一致的签字确认意见，如果没有那么公司也将无权扣除。