竞业禁止与保密纠纷起源于劳动关系，但与一般性的劳动争议相比，由于其涉及到用人单位的知识产权问题而具有特殊性。因此，竞业禁止和保密约定也就有双重性，其既可以作为劳动合同的一部分，又可以独立于劳动合同为保护商业技术秘密的措施而独立存在。对于竞业禁止与保密协议纠纷，应当由法院还是由劳动仲裁部门管辖，我国相关法律中并没有明确规定。

如果从劳动合同角度看，其属于劳动争议纠纷，依据《劳动争议调解仲裁法》相关规定而不得约定管辖;如果从不正当竞争角度看，其属于民商事的知识产权纠纷，竞业禁止与保密义务条款从属于双方的民事合同，可以直接适用合同中的管辖条款。

笔者倾向于认为竞业禁止和保密义务纠纷不能约定管辖。