2009年5月16日王某与某纸品公司签订劳动合同，职务为行政助理，月薪5000元，主要职责就是负责统计各分公司的运营状况及活动初步策划等工作。受岗位性质所定，王某需要常常到分公司考察工作，工作量大，出差和加班便成了家常便饭。公司的《员工手册》规定，凡超时工作符合公司加班条件的情形，公司都将按照工作年限和工作表现向员工支付不同金额的加班津贴。按照王某的工作年限和表现，每月的加班津贴金额为平均小时工资乘以36小时。

工作1年多来，过于频繁的出差加班让王某损失了很多私人时间，严重影响了生活质量。2011年3月，王某向公司提出辞职，要求公司按照实际加班时间为他补发1年多来的加班工资。公司认为，加班津贴的支付制度是公司通过法定程序制定的规章制度，按照管理制度进行内部管理也是法律允许的。王某入职以来，公司一直按照这项制度执行，王某从没有提出过异议。在公司指定加班的月份，公司都给王某支付了加班津贴，有的月份加班津贴的金额远远超过法律规定加班工资的标准，因此公司不应当在已经履行了给付加班工资的法律义务后再支付额外费用。双方协商未果，王某向当地劳动人事争议仲裁委员会提出仲裁申请，要求公司支付2009年5月至2011年3月期间的加班工资。

延长工作时间是指劳动者的工作时数超过法律规定的标准工作时间，包括加班和加点两种。加班是指员工根据用人单位的要求，在法定节假日和公休假日从事生产或工作;加点是指员工根据用人单位的要求，在标准工作日规定的工作时间以外继续从事生产或工作。根据加班加点时间的不同，《劳动法》将加班加点的工资报酬计发比例做了三个不同层次的规定：一、用人单位安排劳动者延长工作时间的(即加点)，应当向劳动者支付不低于工资150%的工资报酬;二、用人单位在休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应当向劳动者支付不低于工资200%的工资报酬;三、用人单位在法定休假日安排劳动者工作的，应当向劳动者支付不低于工资300%的工资报酬。

要解决本案中公司是否要向李某补发加班工资的问题，首先应当明确加班津贴是否可以替代加班工资。加班津贴是用人单位给本企业员工设定的一项福利制度，法律对加班津贴并没有强制要求，用人单位可以根据经营特点及企业需要决定是否设定和执行加班津贴制度。加班工资与其不同，是法律给用人单位设定的一项法定义务，劳动者超过工作时间工作，用人单位应当根据实际发生的加班加点的时间不同，按照相应的比例予以计发加班工资。由此可见，加班津贴并不等同于加班工资，用人单位支付了加班津贴不能必然免除支付加班工资的法定义务。

在目前的一些法律实践中，很多用人单位设定加班津贴的目的是对加班工作人员超时工作进行补偿，与法律对加班工资规定的立法目的相同，基于公平原则，加班津贴可以部分抵消加班工资，但毕竟不能取代加班费，二者归于不同法律规范的范畴。因此，加班津贴应当实行多不退少要补的原则，当实际加班工资高于加班津贴时，用人单位应当按照实际加班工资金额支付;当实际加班工资低于加班津贴标准时，用人单位可以按照企业内部规定的加班津贴标准支付。