公司恶意扣除员工工资的处理办法如下：

（1）劳动者因被扣除工资发生争议时，应先向用人单位提出支付的要求，主动与用人单位沟通协商；

（2）在劳动争议发生后，劳动者可向劳动争议调解委员会提出请求，要求其主持调解；

（3）在无法与用人单位协商或者经协商仍无效时，劳动者可以在劳动关系终止之日起1年内提起仲裁。

劳动者在拖欠工资的维权中需注意什么

1、要确认和单位之间的劳动关系的事实，如工资单，考勤记录，工作过程中的文件记录；

2、确认劳动关系后，对于单位拖欠工资的违法行为，可与老板协商，要求单位补发工资；

3、如果协商不成，带好相关资料到劳动局投诉，或者直接到单位所在地的劳动仲裁委提出劳动仲裁；

4、如果拖欠工资数额比较大的话，可以直接请律师打官司，通过诉讼的方法来要回被拖欠的工资。

老板恶意克扣员工工资怎么办

用人单位拖欠劳动者的工资，劳动者有3个途径可以要求支付工资：1、可以到当地人力资源和社会保障局劳动监察投诉；2、可以到当地人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求支付工资，如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资，如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金；3、有欠条的，可以直接起诉到法院，要求支付欠条里的工资数额。

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。