劳动合同不可以扣除休息日工资。用人单位应当保证劳动者每周至少休息1日，在法定的休息时间内应当计算劳动报酬，用人单位不得扣除休息日的工资。用人单位违规扣除劳动者可以向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门责令限期补齐扣除的工资。

劳动合同上扣除的违约金是否能生效？

劳动合同上的违约金生效。

我国法律规定，劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

《劳动合同法》第三十条

用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。

《劳动法》第三十六条

国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。

第三十八条

用人单位应当保证劳动者每周至少休息1日。

第五十条

工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。