员工离职时的加班工资核算基数的计算是按照合同当中所约定的具体的工资。

1、如果劳动合同有明确约定工资数额的，应当以劳动合同约定的工资作为加班费计算基准。应当注意的是，如果劳动合同的工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应当以各项工资的总和作为基数计发加班费，不能以“基本工资”、“岗位工资”或“职务工资”单独一项作为计算基数。

2、如果劳动合同没有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，应当以实际工资作为计算基数。凡是用人单位直接支付给职工的工资、奖金、津贴、补贴等都属于实际工资，具体包括国家统计局《关于工资总额组成的规定若干具体范围的解释》中规定“工资总额”的几个组成部分。但是应当注意一点，在以实际工资都可作为加班费计算基数时，加班费、伙食补助和劳动保护补贴等应当扣除，不能列入计算范围。

3、在确定职工日平均工资和小时平均工资时，应当按照劳动和社会保障部《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》规定，进行折算。

4、实行计件工资的，应当以法定时间内的计件单价为加班费的计算基数。

5、加班费的计算基数低于当地当年的最低工资标准的，应当以日、时最低工资标准为基数。

一、员工加班费计算基数如何确定的法规

根据劳动法的相关规定，工作日安排劳动者延长工作时间的，单位应支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，单位应支付不低于工资的200%的工资报酬。

对于计算的基数，实行计时工资的用人单位，指的是用人单位规定的其本人的基本工资，其计算方法是：用月基本工资除以月法定工作天数即得日工资，用日工资除以日工作时间即得小时工资。实行计件工资的用人单位，指的是劳动者在加班加点的工作时间内应得的计件工资。

依据上述规定，在双方没有约定的情形下，加班工资基数将按照本人的基本工资来计算，即以月基本工资除以月平均工作小时数，得出小时工资标准，然后再按照《劳动法》第44条的规定来计算。