工厂加班工资计算方法是工作日按照工资标准的百分之一百五计算，休息日按照工资标准的百分之二百计算，法定节假日按照加班标准的百分之三百计算，加班工资计算基数是按照劳动合同的工资约定确定。

一、工厂加班工资计算方法

工厂加班工资计算方法是：工作日加班工资标准=劳动合同规定的月工资标准÷（月计薪天数21.75×8小时）×150%;休息日加班工资标准=劳动合同规定的月工资标准÷（月计薪天数21.75×8小时）×200%;法定休假日加班工资标准=劳动合同规定的月工资标准÷（月计薪天数21.75×8小时）×300%。

《中华人民共和国劳动法》第四十四条

有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；

（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；

（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

二、加班工资计算基数是什么

加班工资计算基数是以劳动合同中约定的工资作为加班费计算基数；没有明确约定工资数额的，以实际工资额作为计算基数；职工的当月工资与当月奖金发放不一致，合计作为加班费计算基数；以职工法定工作时间内的计件单价作为加班费计算基数。

三、加班工资要扣税吗

加班工资要扣税，加班工资属于员工正常的薪资，并不属于国家统一规定的免税项目，所以加班费应当计入个税起征点，即并入当月的工薪收入的个人所得税，进行依法纳税。

《个人所得税法》第二条

下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

（一）工资、薪金所得；

（二）劳务报酬所得；

（三）稿酬所得；

（四）特许权使用费所得；

（五）经营所得；

（六）利息、股息、红利所得；

（七）财产租赁所得；

（八）财产转让所得；

（九）偶然所得。