与总公司签合同在分公司工作发工资一般也是分公司，但是，分公司和总公司同属于一个法人主体，所以与分公司签订劳动合同，有分公司缴纳本地社保，工资由总公司发是可以的。而且只要用人单位按时发放工资和缴纳社保，是不违反法律的。

分公司和总公司的关系

总公司与分公司之间一般表现为是总机构与分机构的关系，具有从属的特性。因为分公司不具有企业法人资格，不具有独立的法律地位，不独立承担民事责任。

总公司管理分公司，对所属分公司在生产经营、资金调度、人事管理等方面行使指挥、管理、监督的权利。

【法律依据】

《公司法》第十四条规定：公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。

《中华人民共和国公司法》第十四条公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。第十五条公司可以向其他企业投资；但是，除法律另有规定外，不得成为对所投资企业的债务承担连带责任的出资人。