直接向劳动仲裁部门提出劳动仲裁。有几点需要注意：

1、必须说明，农民工与包工头之间是形成劳动关系(而不是合作关系，因为包工头的欠条说是欠“工程款”)，这点很重要，如果是合作关系，则是经济纠纷而不属于劳动纠纷，经济纠纷属于法院的事。

2、必须强调，自跟包工头后，农民工根据他的工作要求完成工程并接受他的日常管理及人员调配(这点是配合以上第1点);

3、对于证明，可以说明：一劳动关系事实存在及建立时间;二包工头未依法支付劳动报酬;(申请劳动仲裁时必须注明是要包工头支付工资，而不是“工程款”)

4、如果劳动部门受理，还可以利用包工头未及时支付工资申请以予赔偿金

一、包工头跑了可以向公司要工钱吗

包工头把工程款拿跑了，工人可以找公司索要。

因为根据相关法律规定，劳动者付出的劳动是在为公司工程，付出的应得的薪酬当然有公司支付。现在包工头卷款而去，属于公司用人不当所致。公司在向包工头追回款之前应该重新向工人垫付工资。

若用人单位拖欠工资，劳动者可以通过以下方式讨薪：

1、劳动者可以到当地人力资源和社会保障局劳动监察投诉；

2、可以到当地人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金；

3、有欠条的，可以直接起诉到法院，要求支付欠条里的工资数额。