流产休假不应当扣基本工资，可以对绩效奖、出勤奖进行酌情扣减，劳动者没有工作不能产生效益，用人单位可以按照比例进行折扣绩效，如果用人单位要求满勤才发出勤奖，劳动者虽然合法请假，但毕竟不是真正出勤，用人单位可以扣减出勤奖。劳动者的基本工资属于劳动者的合法收入，用人单位不得非法扣减。

《工资支付暂行条例》

第十五条用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;

(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;

(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;

(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：

(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的;

(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资的;

(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。

经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。

第十九条劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。

相关知识：病假工资怎么计算

病假工资由用人单位按不低于当地最低工资标准80%自主确定支付标准。

根据《劳动法》第四十七条、劳动部《关于贯彻执行若干问题的意见》(劳部发〔1995〕309号)第59条规定，用人单位职工病假工资支付办法，由用人单位按不低于当地最低工资标准80%自主确定。