竞业限制协议在侵犯商业秘密纠纷中的作用如下：

1、竞业限制协议是用人单位对其商业秘密采取的一种保护措施；

2、可以作为证明被告行为存在违法性的证据；

3、可以作为证明被告过错程度的证据。

一、竞业补偿金计算方式

(一)用人单位与负有保守用人单位商业秘密义务的劳动者在竞业限制协议中对经济补偿金的标准、支付形式有约定的，从其约定。因用人单位原因不按协议约定支付经济补偿金，经劳动者要求仍不支付的，劳动者可以解除竞业限制协议。

(二)竞业限制协议对经济补偿金的标准、支付形式等未作约定的，劳动者可以要求用人单位支付经济补偿金。双方当事人由此发生争议的，可按程序解决。用人单位要求劳动者继续履行竞业限制协议的，应当按处理机构确认的标准及双方约定的竞业限制期限一次性支付经济补偿金，劳动者应当继续履行竞业限制义务;用人单位放弃对剩余期限竞业限制要求的，应当按劳动争议处理机构确认的标准支付已经履行部分的经济补偿金。

(三)竞业限制协议生效前或者履行期间，用人单位放弃对劳动者竞业限制的要求，应当提前一个月通知劳动者。

二、竞业限制是什么意思?

竞业限制是用人单位对负有保守用人单位商业秘密的劳动者，在劳动合同、知识产权权利归属协议或技术保密协议中约定的竞业限制条款。具体规定是：

1、竞业限制条款在劳动合同中为延迟生效条款，也就是劳动合同的其他条款法律约束力终结后，该条款开始生效。.当事人在劳动合同或者保密协议中约定竞业限制条款的，必须同时约定经济补偿的内容；

2、用人单位应当在终止或解除劳动者劳动合同后，给予劳动者经济补偿。该经济补偿标准、数额由当事人自行约定；

3、在约定竞业限制条款时应当同时约定具体的违约责任的承担方式和内容，但不得再约定解除劳动合同的提前通知期；

4、竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。