怀孕期间住院不会扣工资，但也不是按照正常出勤天数发放工资的，《劳动部关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第五十九条规定，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。

企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期：

(一)实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。

(二)实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的为九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。

一、产假期间的待遇

1、首先，产假期间公司发放的工资和社保局发放的生育津贴不能同时享受。生育津贴的计算方法为：月缴费工资/30天×产假天数。

2、如果单位有交社保，产假期间企业无需向职工支付工资，而是由公司凭女职工的生育凭证，到生育保险基金处为其申请生育津贴，以生育津贴作为女职工产假期间的工资。

但是，若企业为职工缴纳的生育保险费基数低于女职工上年度平均工资收入，那么将导致女职工领取的生育津贴低于其正常出勤期间的工资，企业需要予以差额补足。

3、如果单位没有交社保，产假期间公司应当按正常出勤发放工资。