单位拒绝提供考勤记录会赔偿加班费。

《劳动争议调解仲裁法》第六条规定：“发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。

需注意的是，考勤卡只能证明员工在单位，不能证明其加班。因此，对举证责任要根据实际情况综合考虑，考勤记录并非作为加班的唯一证据。

《劳动法》规定用人单位应依法建立和完善规章制度，但法律法规并未明确用人单位必须建立考勤制度。

在制度不健全的现状面前，审裁实践中，往往由有考勤记录的用人单位举证，以考勤记录为主，结合其他证据综合认定；无考勤记录，但劳动者能提供初步证据证明的，可支持其主张；对2年以外的加班工资，由劳动者对加班事实负主要举证责任，劳动者不能举证且用人单位也否认的，对其主张不予支持。