劳务派遣公司代发的工资是由派遣公司申报的，劳务派遣员工的薪资是由用人单位申报个人所得税。劳动派遣员工是与用人单位之间建立劳动关系，而不是用工单位。其薪资发放是由用人单位支付的，个税也是由用人单位代缴的。

《工资支付暂行规定》第十五条用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

(1)用人单位代扣代缴的个人所得税；

(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；

(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

一、劳务派遣员工工资怎么发放

劳务派遣员工工资由用人单位把钱打到派遣公司财务帐上，劳务派遣单位按月支付；被派遣劳动者在无工作期间，劳务派遣单位应当按照所在地人民政府规定的最低工资标准，向其按月支付工资。被派遣劳动者享有与用工单位的劳动者同工同酬的权利。

二、劳务派遣合同代发工资及保险用交印花税吗

劳务派遣合同不属于印花税的征税对象，无需缴纳印花税。

《中华人民共和国印花税法》第十二条下列凭证免征印花税：

（一）应税凭证的副本或者抄本；

（二）依照法律规定应当予以免税的外国驻华使馆、领事馆和国际组织驻华代表机构为获得馆舍书立的应税凭证；

（三）中国人民解放军、中国人民武装警察部队书立的应税凭证；

（四）农民、家庭农场、农民专业合作社、农村集体经济组织、村民委员会购买农业生产资料或者销售农产品书立的买卖合同和农业保险合同；

（五）无息或者贴息借款合同、国际金融组织向中国提供优惠贷款书立的借款合同；

（六）财产所有权人将财产赠与政府、学校、社会福利机构、慈善组织书立的产权转移书据；

（七）非营利性医疗卫生机构采购药品或者卫生材料书立的买卖合同。