不合法。公司制度规定旷工扣三倍工资是不合法的，中劳法中有明确条例，在伤害人身健康以及利益的情况下签署的合同无效，而且中劳法有规定，扣除工资最高只是当日工资的百分之七十，或月终奖金的百分之三十。

一、旷工三天扣9天工资属于合法行为吗

旷工三天扣9天工资不合法。

因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

二、急辞是不是要扣工资

急辞不一定要扣工资，并且急辞工扣工资的这种做法是不合法的。但是如果劳动者造成用人单位损失，那么需要承担赔偿责任。用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。由于劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，可以通过扣除工资赔偿损失，但是每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。

三、旷一天扣三天工资合法吗

旷工一天扣三天工资不合法。扣除三天工资是违法的。根据《中华人民共和国劳动法》的规定，工资以货币形式按月支付给劳动者。工人的工资不得无故扣除或拖欠。根据《中华人民共和国劳动法》规定，劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、诉讼或者协商解决。适用于仲裁和诉讼的调解原则。