员工上班迟到被扣工资，如果用人单位的规章制度有明确规定的，是可以的。

一、员工迟到早退旷工可以辞退吗

员工迟到早退旷工属于严重违反用人单位规章制度的，可以辞退。劳动者有下列情形之一的，用人单位可以辞退：严重违反用人单位的规章制度的；在试用期间被证明不符合录用条件的；被依法追究刑事责任的；严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；其他。

二、因为迟到被开除合理吗

上班迟到被辞退,如果是经常性迟到,属于严重违反用人单位的规章制度的行为,用人单位以此为由辞退员工是合法的。但是如果员工迟到的次数只是偶尔一两次,不属于严重违反用人单位的规章制度的行为,公司因为这一两次迟到就要开除员工的话,这就属于违法的行为了。

三、公司规定上班20分钟迟到5元合法吗

迟到，属于缺勤，只是缺勤的时间较短，迟到的时间没有劳动，不发给报酬符合法律规定。无正当理由迟到，因为迟到导致用人单位经济损失的，劳动者还应当赔偿损失。

对迟到工资的具体扣发，法律没有明确规定，可由用人单位依法制定的规章制度规定。

对于公司规定迟到一分钟5块钱是否合法的问题，如果该公司的规章制度中，有迟到罚款这样的规定，且该公司的规章制度是经过民主程序制度，即制定颁布程序是合法，只要罚款的数额不超过法律规定的必要限度，就是合法的。