按小时计算工资是合法的。用人单位工资分配遵循按劳分配原则，实行同工同酬和最低工资保护制度，依法自主确定本单位工资分配的形式和水平。全日制职工工资分配可实行小时工资分配。工资必须在用人单位与劳动者约定的日期内支付。如遇节假日或休息日，应在最近的工作日提前支付。每月至少支付一次工资，实行周、日、小时工资制的，可按周、日、小时支付。

违反公司规定扣工资合法吗？合法合法吗？

因劳动者违反公司规定而扣除全部工资是不合法的。若劳动者违反公司规定给用人单位造成经济损失的，可从劳动者本人的工资中扣除来弥补经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。劳动者在用人单位扣除工资过多时可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

《中华人民共和国劳动法》第四十七条用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。