员工加班的举证责任由用人单位承担。这样规定主要是因为，用人单位和劳动者双方的法律关系中，一般是用人单位居于强势地位，这样规定用人单位承担举证责任也是更加有利于体现对劳动者的倾斜保护。

在与用人单位因加班产生劳动争议案件中，劳动者可以提请仲裁委要求用人单位提供工资表，以证明劳动者的工资内是否包括有加班费。如果有加班费，公司应当提供加班费的计算依据。

实务中，劳动仲裁委或者法院也会根据案情或者依据地方规定要求单位提供相应的考勤表，因为工资的发放一般是依据考勤情况作出的，如果考勤记录中表明劳动者存在加班，而用人单位又没有相反的证据证明该加班无效，则应当支持劳动者的主张。

在民事诉讼中，举证责任一般是按照谁主张谁举证的原则，即谁提出请求，谁就要证明该请求的合理性，否则就得不到法律的支持。而在劳动争议纠纷案件中的举证责任，并不完全依照民法上的谁主张谁举证原则，而是规定了一部分举证责任应当由用人单位来承担。《劳动争议调解仲裁法》第六条规定：“发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供;用人单位不提供的，应当承担不利后果。”

用人单位应当按照工资支付周期编制工资支付记录表，并至少保存二年备查。工资支付记录表应当主要包括用人单位名称、劳动者姓名、支付时间以及支付项目和金额、加班工资金额、应发金额、扣除项目和金额、实发金额等事项。