如何保护农民工的权利职工与用人单位发生劳动争议后，可以通过多种程序解决：根据《劳动法》和《中华人民共和国企业劳动争议处理条例》的规定，职工与用人单位发生劳动争议后，可按以下程序解决：

（1）双方自行协商。当事人自愿协商达成协议

（2）调解程序。当事人双方不愿自行协商或者协商不成的，可以自愿向企业调解委员会申请调解，自觉履行调解达成的协议。调解不成的，可以申请仲裁。当事人也可以直接申请仲裁。用人单位或者非法职业介绍所侵害劳动者权益的，可以依照《劳动法》和《劳动保障监察条例》的规定，向劳动和社会保障监察机构投诉，任何组织和个人有权向劳动保障行政部门举报违反劳动保障法律、法规、规章的行为，因同一原因引起集体投诉的，投诉人可以推荐代表投诉。投诉人应当向劳动保障行政部门提交投诉材料。信访文书书写确有困难的，可以口头提出，并由劳动和社会保障监察机构制作笔录，信访人签名。

（4）行政复议。劳动者对劳动保障行政部门的具体行政行为不服的，可以依照《行政复议法》和《行政诉讼法》的规定申请行政复议，法人或者其他组织认为行政机关、具有行政职能的事业单位的具体行政行为侵犯其合法权益的，可以申请行政复议或者提起行政诉讼。任何一方或双方均可向仲裁委员会申请仲裁。仲裁庭应当先行调解。调解不成的，应当作出裁决。一方当事人不履行已经生效的仲裁、调解或者裁决的，另一方当事人可以申请人民法院强制执行。也就是说，人民法院不直接受理没有仲裁程序的劳动争议案件。当事人对仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内，以对方为被告向人民法院提起诉讼。人民法院依照民事诉讼程序审理，实行二审终审制度。法院审判程序是劳动争议解决的最终程序，农民工的权益保障是一个非常重要的问题，因为我国农民工数量众多，同时对农民工的保护还不够。如果我们放纵欺负农民工，就会导致国家的不稳定