事业单位因自动离职处理发生的争议应按除名争议处理。

劳办发(1995)104号文件提到关于除名职工连续工龄计算时效的溯及力问题。：即：应从各地实行职工个人缴纳养老保险费的时间，作为除名职工计算连续工龄的起始时间。(也就是说除名前的连续工龄不能视同缴费年限，其重新就业后的工作时间，可以合并计算为连续工龄，应从各地实行职工个人缴纳养老保险费的时间开始计算)。

工龄是指职工以工资收入为生活资料的全部或主要来源的工作时间。工龄的长短标志着职工参加工作时间的长短，也反映了它对社会和企业的贡献大小和知识、经验、技术熟练程度的高低。

按规定，被开除、被判刑人员其工龄只能从再次参加工作或刑满释放参加工作后重新计算，以前的工龄包括军龄都一律取消。而除名不是行政处分，而是单位内部管理职工的必备手续，仅仅是把由于一般原因不在本单位工作的人员的名字，从职工名册中除去;对自动离职的职工，单位同样会把他们的名字从职工名册中除去。

所以，对于因违反劳动纪律被单位除名的职工和自动离职的职工，工龄计算办法应该是一致的，即：如果他们被单位除名之前没有受过开除处分，被除名前的工龄，可以和重新就业后的工作时间合并计算为连续工龄(视同缴费年限)。如果在被单位除名前曾经受过开除处分，他们的连续工龄(视同缴费年限)就只能从受开除处分或刑满释放再次参加工作后重新计算。