对工伤认定程序中劳动关系的认定：

要综合考虑劳动者合法权益的保护和法律秩序的安定;要考虑到大部分相对简单劳动关系可以直接认定，又考虑到部分案件相对复杂，需要仲裁机关来认定。工伤认定机关和仲裁机关认定劳动关系的界限是可以划分清楚的。

对于简单的，如劳动者或者用人单位提供工资支付凭证或者记录，如职工工资发放花名册、缴纳各项社会保险费的记录、用人单位向职工发放的“工作证”、“服务证”等能证明身份的证件、单位的考勤记录、劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录、证明双方存在劳动关系的公证文书、双方签字盖章确认的劳动合同、用人单位出具证明存在劳动关系且在工伤认定举证期限内未提出异议等其他一般行政人员能判断是否具有劳动关系的情形，可以由工伤认定机关直接确定。

除此之外，其他对劳动关系有争议的，工伤认定部门应当告知当事人走劳动仲裁程序，并中止工伤认定程序。让部分复杂的案件中止工伤认定程序，让其走仲裁程序对劳动者的合法权益没有实质性的影响。因为劳动者还有其他救济途径，完全可以通过劳动仲裁程序来确定其是否存在劳动关系。如果职工不肯申请劳动仲裁，企业根据劳动争议调解仲裁法也有权申请仲裁或者起诉要求确认不存在劳动关系。

劳动关系的存在是工伤认定的基础。对是否存在劳动关系不能确定时，如果当事人已经启动对是否存在劳动关系的仲裁程序，劳动行政部门可以中止认定程序，待是否构成劳动关系确定后，再启动对是否构成工伤的认定程序。

在工伤认定程序中，有时存在申请人与用人单位劳动关系有争议但又不同意申请仲裁的情况，此时，应注意划分工伤认定机关和仲裁机关认定劳动关系的界限。

合理划分认定劳动关系的界限可以加大对劳动者合法权益保护。

根据我国相关法律法规的规定，一个完整的工伤赔偿程序包括劳动关系确定、工伤认定、劳动能力鉴定、工伤赔偿仲裁诉讼乃至执行很多环节，完整走下来可能要花费很长时间。如果将一些简单的一般行政人员都能够判断的劳动关系都推向仲裁和诉讼程序将极大拉长受伤职工寻求救济的时间，不利于劳动者合法权益的保护。