根据《深圳市中级人民法院审理劳动争议案件适用法律若干问题讨论纪要》第十条，用人单位在“第三阶段”与女职工不当解除劳动合同的处理是：女职工要求继续履行劳动合同的，撤销用人单位解除劳动合同的决定，双方继续履行劳动合同。造成劳动者工资性收入损失的，用人单位还应当支付工资，女职工在劳动合同终止后不继续履行劳动合同的，可视为用人单位的建议。经双方协商同意解除劳动合同的，解除劳动合同的时间以女职工“第三期”届满之日为准。女职工的劳动合同期限在“三期”届满之日尚未届满或者双方仅存在事实劳动关系的，用人单位应当支付女职工至“三期”届满之日的工资，并支付解除劳动合同的经济补偿金，用人单位应当支付下列“三期”工资：

1.孕期工资按照《深圳经济特区企业工资管理暂行规定》第五十四条规定的停工津贴确定，即：，停产经营正常的企业，在停产期间不安排职工从事其他工作，不是职工本人的过错造成的，停产企业应当按照下列标准发给职工停产津贴：（一）停产期限在六个工作日（含六个工作日）以内的，停工前一个月职工日平均工资的80%支付给职工（二）停工连续超过六个工作日的，从第七天起，按停工前三个月职工日平均工资的60%支付给职工。”按本人孕期工资的60%支付

2.分娩期工资按原工资处理

哺乳期工资按《广东省女职工劳动保护实施办法》不低于标准工资的75%