根据《劳动合同法》第四条，用人单位在决定关于劳动报酬等涉及员工切身利益的规章制度时，应经过全体职工讨论并提出方案和意见来进行协商确定。如果有员工因为迟到导致用人单位的经济损失的，可按照劳动合同来要求其赔偿损失。经济损失的赔偿，可从员工本人的工资中扣除。但扣除的工资不能超过该员工当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月工资最低标准，则按最低工资标准支付。

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迟到罚款一百违反劳动法，用人单位没有罚款的权利，行政机关才有，用人单位可以拒绝支付迟到期间的工资。同时，因为迟到造成用人单位经济损失的，用人单位可以通过扣除工资补偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。

《劳动合同法》第四条

用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。

《工资支付暂行规定》第十六条

因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。