老板以迟到为由克扣工资是不合法的，法律上并未迟到扣工资的法律规定，迟到属于缺勤，只是缺勤的时间较短，迟到的时间没有劳动，不发给报酬符合法律规定。无正当理由迟到，因为迟到导致用人单位经济损失的，劳动者还应当赔偿损失。对迟到工资的具体扣发，法律没有明确规定，可由用人单位依法制定的规章制度规定。所谓用人单位依法制定的规章制度，是指制度经过全体职工讨论、制定过程中有工会和职工代表参与，且经过公示，内容合法。依据公司的规章制度规定扣款，迟到早退扣工资合法，否则无根据的乱扣款的话违法。

《劳动合同法》第四条用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。

一、迟到会不会被辞退

迟到是否会被辞退应根据具体情况判断：

1、对于一次、二次的迟到，不应属于严重违反用人单位规章制度；

2、但如果是数次迟到，拒不改正的，用人单位可以依法予以辞退。

员工上班迟到被扣工资不合法，但是因劳动者的原因造成公司损失可扣除工资，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。

在员工无正当理由迟到，因为迟到导致用人单位经济损失的，用人单位就可以对员工的工资进行惩罚性的扣除，除此之外，劳动者还应当赔偿损失，用人单位也可以与劳动者解除劳动合同。