1、土地来源区别。拆迁自建房屋的土地来源是划拨或低价出让，而商品房开发商取得土地是通过出让方式。

2、产权区别。很多自建房是不具备完全产权的，具有完全的房屋所有权，但不一定具备完全的土地使用权。而商品房是具备完全产权，完全的房屋所有权和完全的土地使用权。

3、质量区别。自建房往往建设利润有限，因此，自建房的建设一般不如商品房。

4、交易时间上的限制。不少自建房都有交易时间上的限制，也就是规定在几年内不得上市销售。商品房没有这方面的规定。

5、交易限制的区别。因为其安置对象是特定的动迁安置户，该类房屋的买卖除受法律、法规的规范之外，还受到当地政府相关地方政策的约束。商品房买卖直接在房管局不动产中心过户，是没有土地税的，自建房过户有土地税。

一、拆迁安置房什么时间能拿到房产证

多数地区是五年以后才可以拿房产证。都是为了限制五年内进行交易，这样开发商就不能赚钱了。五年后，一般开发商的房子就卖完了，行情也稳定了。拆迁安置房屋一般分为两大类：一类是因重大市政工程动迁而建造的配套商品房或配购的中低价商品房。此类房屋产权虽属于个人，但在取得权的一定期限内不能上市交易。另一类是因房产开发等因素而动拆迁，动拆迁公司通过其他途径安置或代为安置人购买的中低价位商品房(与市场价比较而言)。该类商品房和一般的商品房相比没有什么区别，属于被安置人的私有财产，没有转让期限的限制，可以自由上市交易。

二、农村自建房买卖到底合法吗?

农村自建房能否买卖，答案是否定的。因为农村自建房是小产权房，不是商品房，一般不能够上市交易的。不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力。

《中华人民共和国土地管理法》第七十八条农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。

超过省、自治区、直辖市规定的标准，多占的土地以非法占用土地论处。