公司停薪留职是不合法的。目前国家出台的关于停薪留职的规定的前提是员工个人申请，经企业批准后申请人才会停薪留职。同时企业停薪留职人员与用人单位依然是劳动关系，受《劳动法》的保护。如果说公司确实不景气的，是可以采取申请裁员的方法。

一、事业干部停薪留职规定

事业单位工作人员停薪留职问题规定如下：

（一）目前，事业单位正在深入推进人事制度改革，除参公管理事业单位外，所有事业单位都要实行岗位设置管理制度与聘用制度，按需设岗、竞聘上岗、按岗聘用、合同管理。

（二）当前，国家、省、市既没有关于事业单位办理停薪留职的政策规定，也没有规范性的操作办法。

（三）停薪留职的期限问题。过去停薪留职签订协议一般都明确期限和相关事项，按协议执行。现在机关事业单位均不能再办理或延续停薪留职手续，原停薪留职人员一律回单位上班，不能坚持正常工作的由本人提出辞职（辞聘）申请，按规定办理辞职（辞聘）手续。《劳动合同法》第八条用人单位的告知义务和劳动者的说明义务用人单位招用劳动者时，应当如实告知劳动者工作内容、工作条件、工作地点、职业危害、安全生产状况、劳动报酬，以及劳动者要求了解的其他情况；用人单位有权了解劳动者与劳动合同直接相关的基本情况，劳动者应当如实说明。

二、国企停薪留职规定是什么

停薪留职合同是指为了使特定职工有期限离岗停薪并保留职工身份，而由用人单位与该职工依法签订的，约定停薪留职期间双方相互权利和义务的合同。该合同产生于20世纪80年代，只适用于原固定职工，不适用劳动合同制职工。合同有效期一般不超过二年。停薪留职期间，不升级，不享受各种津贴、补贴和劳保福利待遇；因病、残而基本丧失劳动能力的，可按退职办法处理；从事非法活动，符合《企业职工奖惩条例》规定的开除条件的，原单位有权按开除处理。