如果公司恶意扣发工资，劳动者可以采取以下措施：首先，向劳动行政部门举报；其次，劳动行政部门会责令公司限期支付；如果公司逾期不支付，劳动行政部门会责令其加付赔偿金；如果劳动者对处理结果不满意，可以向仲裁委员会申请仲裁；如果对仲裁裁决不服，劳动者可以向人民法院提起诉讼。

如果公司恶意扣发工资,劳动者可以举报到劳动行政部门,劳动行政部门会责令公司限期支付,如果公司逾期不支付,劳动行政部门会责令其加付赔偿金。如果劳动者对处理结果不满意,可以向仲裁委员会申请仲裁。如果对仲裁裁决不服,劳动者可以向人民法院提起诉讼。

如果劳动者对劳动行政部门的处理结果不满意，该怎么办？

根据我国《劳动法》第八十二条规定，当事人对劳动行政部门的行政处理决定不服的，可以自收到处理决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。因此，如果劳动者对劳动行政部门的处理结果不满意，劳动者可以自收到处理决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。

总之，如果公司恶意扣发工资，劳动者可以通过多种途径维护自己的合法权益。包括向劳动行政部门举报、申请仲裁和向人民法院提起诉讼。根据我国《劳动法》第八十二条规定，当事人对劳动行政部门的行政处理决定不服的，可以自收到处理决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。因此，劳动者应当勇敢地维护自己的权益，以保障自己的合法权益。

《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条

用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：

（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；

（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；

（三）安排加班不支付加班费的；

（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。