合作协议没有劳动关系，不能进行劳动仲裁。根据法律规定，中华人民共和国境内用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用劳动仲裁：（一）确认劳动关系发生的争议；（二）订立、履行、变更、解除、终止劳动合同发生的争议；（三）因除名、辞退、辞职发生的争议；（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训、劳动保护发生的争议；（五）劳动报酬、工伤医疗费用、经济补偿或者赔偿发生的争议；（六）法律法规规定的其他劳动争议。

发生劳动纠纷没有劳动合同可以申请仲裁吗

可以，没有劳动合同可以通过以下证据证明劳动关系：

1、工资收入证明，如工资表、工资条、工资银行存折等；

2、工作证、工卡；

3、入职登记表、录用通知书、报名表等；

4、住房公积金、社保缴纳登记证明；

5、考勤记录，如考勤表、打卡记录等；

6、证人证言。

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条