员工违反竞业限制协议应当支付的经济补偿金按协议约定办理。

根据《劳动合同法》第二十三条、二十四条规定，用人单位可以与高级管理人员、高级技术人员和其它负有保密义务的人员，在劳动合同或者保密协议中约定保密事项，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内，不得到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务，由用人单位按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

竞业限制区域、期限、经济补偿和违约金数额由用人单位和劳动者约定，但禁业限制期限不得超过两年。竞业限制没有约定的，违约金一般按实际造成的损失支付;也有的地区采用经济补偿金的3倍支付。

《劳动合同法》

第二十三条用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。

对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

第二十四条竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。

在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。

违反竞业限制协议有哪些责任

对于用人单位与劳动者违反竞业限制协议的约定，应当按照如下规则处理：

(1)如果用人单位未支付补偿金，竞业限制合同失效。用人单位支付了部分补偿金后不再继续支付的，劳动者可进行催告，如用人单位仍不支付，

可以免除劳动者的竞业限制义务且已支付补偿金不予返还。

(2)如果劳动者仅违反竞业限制并未对用人单位造成损失，可以要求劳动者离开竞业岗位，并返还已支付竞业限制的经济补偿金，剩余期限的补偿金也不再支付。

(3)如果劳动者违反竞业限制并对原用人单位造成了一定的损失，双方可在合同中约定违约金的计算方法。如，原用人单位的实际损失加上调查费用。

竞业禁止协议注意事项

1、职工在签订竞业限制协议前，一定要认真看好协议的条款，一个是违约金部分，一旦违反了条款，自己是否可以承担起违约金的责任;另一个是是否有赔偿金，这关乎到离职期间自己是否有相应的经济赔偿。

2、竞业限制期限失效后，职工可以从新任职原来的工作领域和行业，但不可以向任何单位泄漏原公司的商业机密，否则将会受到原公司的法律追究，是要承担法律责任的。

3、职工要确认好协议上写的经营范围和业务范围，避免离职后接触到相关的工作内容，否则只能怪自己没有看清楚条款。

4、如果发现原用人单位有出现违反竞业限制协议条款的情况出现，要学会运用法律的知识维权，不要忍气吞声，否则吃亏的是自己。