用人单位和劳动者协商约定服务期和竞业限制的违约金有效，除这两种情形外的违约金无效。违反服务期的违约金数额不得超过用人单位提供的培训费用。竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。除此之外用人单位要求劳动者支付违约金的情形都是违反劳动合同法的，有些用人单位为了本公司利益会违反《劳动合同法》及相关法律约定或者强迫劳动者签订违约金条款，这样的违约金条款是无效的。

因此，对于用人单位与劳动者约定由用人单位承担违约金的条款，既然法律未明确进行立法干预，且不存在以缔约优势侵犯相对方利益的风险，应可以适用双方当事人意思自治的合同法理念，认定合同条款有效。因此，从理论上存在双重补偿金的可能，即用人单位在支付了法定解除补偿金之外，仍应按照双方合同约定承担约定补偿金。在审理劳动争议案件中，在不与劳动法、劳动合同法等法律法规相冲突的情况下，可以运用合同法等法律法规的相关条款，是因为遵循双方意思自治的合同法理念，劳动者与用人单位约定由用人单位承担违约金的条款应属于双方当事人意思自治的范畴，从性质本身分析该条款应受《民法典》中劳动合同相关规定的调整。

相关法律依据：

根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条

用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。

劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。

第二十三条：用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。

对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。