绩效考核工资不可以被全部扣除，绩效工资是通过考核员工进行分配的工资，一般包括指标完成、质量考核、安全考核等各方面，应该是奖金部分，不应该与基本工资挂钩。工伤治疗及休养期，合称为停工留薪期，停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。

一、工伤休息是否扣年终奖

工伤休息不应该扣年终奖。工伤治疗和修养期间工资和福利待遇保持不变，不应该扣除奖项。如果劳动合同明确规定年终奖金属于劳动报酬的一部分，或者用人单位将发放年终奖金规定在规章制度里，那么用人单位不能无故扣发员工的年终奖金。相关法律规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。

二、绩效工资写进合同吗

是的。绩效工资是以职工被聘上岗的工作岗位为主，根据岗位技术含量、责任大小、劳动强度和环境优劣确定岗级，以企业经济效益和劳动力价位确定工资总量，以职工的劳动成果为依据支付劳动报酬，是劳动制度、人事制度与工资制度密切结合的工资制度。绩效工资的分配主要有四种：第一，仅对员工个人既定绩效工资额度进行考核和分配。员工月度实得绩效工资工既定绩效工资额度×员工考核系数。第二，在第一种分配方式上与公司总的经营效益挂钩。员工月度实得绩效工资工既定绩效工资额度×员工考核系数×公司效益系数。第三，在第二种方案基础上与部门业绩挂钩。第四，在第三种方案基础上将部门经理与员工的考核和绩效工资分开进行。