可以。

首先，单位以债权折抵员工的工资属于债权转让。债权转让是指合同当事人将其合同的权利全部或部分地转让给第三人。公司与他人通过生意交往所产生的债权、债务关系是真实有效的，应当受到法律保护，公司无疑是债权人，对债务人享有要求清偿并获得欠款的权利，公司将该债权全部转让给公司、债务人之外的员工，即第三人，完全具备债权转让的法律特征。

其次，公司员工与公司之间的转让合法。一方面，债权人可以将合同的权利全部或者部分转让给第三人。但有下列情形之一的除外：

1、根据合同性质不得转让；

2、按照当事人约定不得转让；

3、依照法律规定不得转让。

另一方面，债权人转让权利的，应当通知债务人。未经通知，该转让对债务人不发生效力。”这实际上就是债权转让生效的惟一条件，如果单位将与他人的债权折抵员工工资并告知了债务人，则转让债权的行为有效。

再次，被转让债权的债务人必须对新的债权人履行义务。债权人转让权利后，受让人便当然地取得与债权有关的权利。这种权利包括对债务的主张权和获得清偿权，它相对于债务人来说也是一种义务。